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Sébastien de Montfalcon est né en 1489 au château de Flaxieu, dans le Dauphiné. Il est le fils de Jean de Montfalcon, baron de Flaxieu et de Marguerite de La Tour. Il est issu d'une famille noble française, qui possède des terres en Suisse, en Savoie et en Dauphiné.
En 1517, il est nommé évêque de Lausanne, succédant à son oncle, Antoine de Montfalcon. Il est alors âgé de 28 ans. Son épiscopat est marqué par la Réforme protestante, qui se répand en Suisse à cette époque. Sébastien de Montfalcon est un fervent catholique et s'oppose à la Réforme.
En 1536, les Bernois s'emparent du Pays de Vaud et imposent la Réforme protestante. Sébastien de Montfalcon est contraint de quitter Lausanne et se réfugie à Genève. Il meurt en 1560 à Virieu-le-Petit, en Savoie.