à part le médailler, lourd et emcombrant (et pas donné) la meilleure solution pratique sont les pochettes type HB, carton avec une mince feuille protectrice transparente.
pour moi j'ai tendance à les classer par module (classeur des argent modernes, classeur des denier et double tournois et autres petites cuivre anciennes, romaines, "mitraille" (divers récentes en cu-ni ou cu-al), les "grosses", etc), pas forcément par pays ni par époque, mais avec de nombreuses exceptions... système dû à de nombreuses réorganisation au fil du temps. y a que moi qui puisse m'y reconnaitre quoi
je ne conseille pas pour un classement aisé et "historique"
par contre je ne collectione pas les trous, c'est un choix à faire dès le départ, tout prévoir et remplir les cases selon les arrivées ou improviser quand une nouvelle arrive